Sistem pendidikan umum di negara-negara mayoritas Muslim di Asia Tenggara termasuk pendidikan agama. Di Indonesia, pendidikan agama di sekolah negeri bersifat multi-agama. Setiap siswa yang menganut salah satu dari beberapa agama yang diakui berhak atas pengajaran agama dalam agamanya (walaupun jumlah minimum siswa diperlukan sebelum pengajaran dalam agama tertentu dilakukan). 

Jika tidak tersedia pelajaran agama yang sesuai dengan keyakinan siswa, maka siswa berhak dibebaskan dari pelajaran agama. Pengajaran dalam Konfusianisme juga dapat ditawarkan sebagai pilihan di sekolah negeri, meskipun Konfusianisme bukanlah agama yang diakui. Kurikulum agama ditetapkan oleh Kementerian Pendidikan, dalam konsultasi dengan perwakilan dari komunitas agama yang berbeda. 

Buku teks diproduksi oleh penerbit otonom, tetapi disaring oleh Kementerian. Untuk meningkatkan pengetahuan guru tentang agama lain, tujuan kompetensi umum agama lain disebutkan dalam pengantar kurikulum untuk setiap agama.

Di Malaysia, tidak seperti Indonesia, Islam adalah agama resmi negara, dan satu-satunya pelajaran agama yang diberikan di sekolah umum adalah dalam Islam. Namun, tidak wajib bagi siswa non-Muslim untuk mempelajari Islam. Di Filipina tidak ada agama negara dan Konstitusi mengatur pemisahan Gereja dan Negara. Akan tetapi, pemerintah menyediakan sekolah umum bagi kelompok-kelompok gereja untuk mengajarkan nilai-nilai moral selama jam sekolah.

Selain pengajaran agama di sekolah negeri, pendidikan Islam juga diberikan di seluruh Asia Tenggara pada tingkat dasar dan menengah melalui pesantren. Di Malaysia dan Thailand selatan sekolah-sekolah ini dikenal sebagai “pondok”; di Indonesia, pesantren semacam itu dikenal sebagai “pesantren”. Indonesia juga memiliki sekolah Islam yang dikenal sebagai “madrasah” (membingungkan bagi orang Barat, yang mengasosiasikan istilah “madrasah” dengan pesantren di Timur Tengah dan Asia Selatan).

Mayoritas pesantren di Indonesia berafiliasi dengan organisasi tradisionalis NU, sejumlah kecil menganut doktrin modernis organisasi Muhammadiyah dan Persis, dan hanya sebagian kecil yang mengajarkan interpretasi ekstremis tentang Islam.

Di Indonesia, kebanyakan pesantren dan madrasah memasukkan pengajaran mata pelajaran sekuler dalam kurikulum mereka. Meskipun demikian, lembaga-lembaga ini memiliki tujuan keagamaan untuk mengajarkan Islam melalui membaca dan menghafal Al-Qur'an. Siswa yang berhasil adalah mereka yang mampu membaca ayat-ayat Al-Qur'an dalam bahasa Arab tanpa kesalahan, meskipun banyak dari siswa ini tidak sepenuhnya memahami bahasa Arab.

Siswa senior di lembaga-lembaga ini diajarkan doktrin-doktrin Islam yang lebih rumit—misalnya, teologi, hukum, dan etika Islam. Karena sebagian besar buku teks hanya tersedia dalam bahasa Arab, belajar bahasa Arab dan bagaimana menerjemahkan buku teks tersebut ke dalam dialek lokal merupakan bagian utama dari proses pengajaran dan dilakukan oleh guru dengan setiap siswa secara individu. 

Di pesantren Indonesia, siswa melakukannya tidak memiliki batasan waktu untuk menyelesaikan pendidikannya, dan mereka dapat meninggalkan sekolah jika mereka merasa pengetahuan Islam mereka cukup.

Pesantren di Indonesia dijalankan dan seringkali dimiliki oleh seorang kiai. Para siswa terikat dalam hubungan pribadi dengan pengasuh atau kiai mereka, yang dapat mempromosikan ideologi atau interpretasi Islam tertentu. Banyak pesantren kontemporer sekarang menyediakan pendidikan Islam tradisional dan pendidikan nasional modern. 

Selain kurikulum umum, banyak kiai merasa berguna untuk menawarkan kursus tambahan—Bahasa Inggris dan ilmu komputer adalah yang paling populer—serta pelatihan kejuruan dalam keterampilan seperti mengemudi, perbaikan mobil, menjahit, manajemen usaha kecil, dan pengelasan. 

Hal ini antara lain sebagai respon terhadap program government yang dirancang untuk mendorong peningkatan sumber daya manusia. Sebagian, ini merupakan cerminan dari fakta bahwa pelatihan keterampilan merupakan bagian dari pendidikan pesantren. Secara tradisional, para siswa tidak membayar pendidikan atau penginapan mereka.

Walau dengan penambahan mata pelajaran sekuler dan teknis, tujuan utama pendidikan pesantren, seperti disebutkan di atas, adalah untuk menyebarkan Islam. Nilai-nilai pesantren mendefinisikan modernitas yang sangat berbeda dari yang dipraktikkan di Barat. Nilai-nilai persaudaraan Islam dan tidak mementingkan diri sendiri dipandang sebagai perlindungan terhadap kapitalisme Barat yang tidak berperasaan, dan “swasembada” diajarkan sebagai dasar untuk melanjutkan kemerdekaan individu dan bangsa. 

Bagi individu, ini berarti bahwa seseorang harus menjalankan kewirausahaan yang dibutuhkan pembangunan, tetapi dikendalikan oleh nilai-nilai Islam. Nilai-nilai ini sama sekali tidak bertentangan dengan demokrasi. Selama dekade terakhir, lebih dari seribu pesantren telah berpartisipasi dalam program yang bertujuan untuk mempromosikan nilai-nilai pluralisme dan toleransi, dan untuk memperkuat masyarakat sipil. 

Dalam salah satu program tersebut, santri diajarkan untuk menjalankan kampanye politik berbasis isu, melakukan pemilihan pimpinan santri, dan mewakili daerah pemilihannya baik dengan pimpinan pesantren maupun masyarakat setempat.

Di negara-negara Asia Tenggara lainnya, struktur dan kurikulum pendidikan agama swasta sangat berbeda dengan di Indonesia. Di Malaysia, misalnya, partai Islam PAS memiliki pengaruh yang kuat di sekolah-sekolah Islam swasta.

Meskipun tingkat militansi dalam sistem pendidikan Islam Malaysia tidak pernah mendekati Pakistan, tetapi tetap berhasil mempertahankan gerakan politik-keagamaan fundamentalis. Di pondok-pondok Thailand selatan, kurikulum nasional diajarkan di samping mata pelajaran Islam. 

Sementara di masa lalu pondok-pondok Thai membantu melestarikan dialek Melayu lokal di Thailand selatan, pengajaran sekarang dalam bahasa Thailand, serta dalam bahasa Arab, yang diperlukan untuk mempelajari Al-Qur'an. Namun demikian, pondok-pondok di Thailand Selatan dilaporkan berfungsi sebagai pusat perekrutan untuk kampanye separatis dengan kekerasan. Di Filipina, sekolah-sekolah Islam dalam sistem pendidikan formal—yaitu yang diakreditasi oleh negara—umumnya moderat.

Bersambung ke Bagian Ketiga