Di Indonesia dan Malaysia, sejumlah kecil sekolah Islam radikal telah berfungsi sebagai inkubator untuk gerakan pinggiran kekerasan Islam di Asia Tenggara, termasuk organisasi teroris regional Jemaah Islamiyah dan front politiknya, Majlis Mujahidin Indonesia (MMI). Sekolah lain, seperti Yala Islamic College di selatan Thailand, telah menjadi saluran pengaruh Wahhabi. 

Pihak keamanan Indonesia percaya bahwa saat ini 60-100 pesantren berfungsi sebagai pusat perekrutan JI dan indoktrinasi ideologis. 

Dalam kategori inkubator teroris ini adalah Pondok al-Mukmin di Ngruki, Sukohardjo di Solo (Surakarta), Mutaqin di Jabarah, Dar us-Syahadah di Boyolali, semuanya di Jawa Tengah; al-Islam di Lamongan, Jawa Timur; dan jaringan Hidayatullah di Kalimantan Timur dan Sulawesi. 

Jaafar Umar Thalib, pemimpin Laskar Jihad yang sekarang sudah bubar, mengelola pesantren lain, Ihya as-Sunnah di Yogyakarta. Meskipun jumlah mereka relatif kecil di alam semesta dengan ribuan sekolah, pesantren radikal ini memiliki pengaruh yang tidak proporsional dalam membentuk dan menyebarkan Islam radikal di Asia Tenggara. 

Yang paling terkenal dari lembaga-lembaga ini adalah Pondok al-Mukmin, sebuah lembaga pendidikan yang oleh beberapa orang disebut sebagai “sekolah teroris.” Pondok Al-Mukmin didirikan pada tahun 1971 oleh dua tokoh radikal Indonesia, Abu Bakar Ba'asyir dan Abdullah Sungkar. Pada tahun 1973 pesantren pindah ke lokasi saat ini di Ngruki, Jawa Tengah. 

Dari tahun 1978 hingga 1982, Ba'asyir dan Sungkar dipenjarakan oleh pemerintah Suharto atas tuduhan subversi. Setelah dibebaskan, keduanya melarikan diri ke Malaysia untuk menghindari penangkapan kembali. 

Ba'asyir dan Sungkar menggambarkan penerbangan mereka ke Malaysia sebagai emigrasi yang diilhami agama untuk melarikan diri dari musuh-musuh Islam, dalam meniru Hijrah Nabi Muhammad dari Mekah.

 Di Malaysia, Ba'asyir dan Sungkar, bersama dengan Abu Jibril (alias Fikiruddin, alias Mohamed Iqbal), seorang veteran jihad Afghanistan Indonesia, mendirikan sekolah Tarbiyah Luqmanul Hakiem di Ulu Tiram, negara bagian Johor, meniru Al-Mukmin. 

Selama periode Malaysia ini, Ba'asyir dan Sungkar bergabung dengan veteran perang Afghanistan Indonesia lainnya dan mutakhorrijin Ngruki yang juga anggota syura al-Qaeda , Riduan Isamuddin, alias Hambali, untuk mendirikan organisasi teroris Jemaah Islamiyah (JI). 

Ba'asyir, Sungkar dan beberapa orang buangan lainnya kembali ke Indonesia pada tahun 2000, setelah jatuhnya Suharto dan pemerintahannya. Sungkar meninggal segera setelah itu karena sebab yang wajar dan Ba'asyir menjadi amir atau pemimpin spiritual JI, serta emir dewan pemerintahan front politik JI, MMI., yang secara resmi diluncurkan di Yogyakarta pada tahun 2000. 

Ba'asyir ditangkap setelah Bom Bali Oktober 2002 dan didakwa makar. Namun, dia divonis dengan dakwaan yang lebih ringan dan dijatuhi hukuman tiga tahun penjara—hukuman yang kemudian dikurangi Mahkamah Agung menjadi delapan belas bulan (setara dengan waktu yang telah dijalani) pada Maret 2004. 

Setelah dibebaskan, Ba'asyir ditangkap kembali, diadili dan divonis pada Maret 2005 atas tuduhan konspirasi—kejahatan yang diancam hukuman maksimum lima tahun—dan dijatuhi hukuman dua setengah tahun penjara. 

Reputasi Pondok al-Mukmin sebagai persemaian terorisme memang layak diterima. Sekolah tersebut menghasilkan lusinan terpidana teroris yang terkait dengan tiga pemboman besar di Indonesia dan setidaknya dua lusin serangan teroris yang lebih kecil. 

Noor Huda Ismail, lulusan sekolah tersebut, melaporkan bahwa sekolah tersebut tidak mengajarkan apa pun kecuali bentuk Islam ekstremis. Satu-satunya dentuman musik dari pengeras suara adalah lagu Arab tentang jihad. Cetakan kaligrafi Arab menutupi dinding asrama. Salah satunya berbunyi: “Mati sebagai orang mulia atau mati sebagai syahid.” Di dalam tembok sekolah, katanya, anti-Semitisme merajalela. Di kelas public speaking Kamis malam, topik yang paling populer adalah ancaman yang dihadapi Islam. 

Para pembicara sering mengutip ayat Al-Qur'an yang berbunyi: “Orang-orang kafir dan Yahudi tidak akan pernah berhenti memerangi kami sampai kami mengikuti agama mereka.” Ismail melaporkan bahwa beberapa hari sebelum kelulusannya, guru agama sekolah tersebut, Aburrohim (alias Abu Husna), mengundangnya dan lima siswa lainnya untuk bergabung dengan JI. 

Mereka yang setuju untuk bergabung menerima pelatihan militer di Afghanistan (sebelum jatuhnya Taliban) dan di Kamp Hudaibiyah di Mindanao. 

Komponen penting dari jaringan jihad yang lebih luas di Indonesia berpusat di pulau Sulawesi. Ini adalah organisasi yang berbasis di Makassar Komite Pengerak Syariat Islam (KPSI), yang sebelumnya dikenal sebagai Panitia Persiapan Penegakan Hukum Islam (KPPSI). 

Sayap bersenjata KPSI, Laskar Jundullah, bertanggung jawab atas banyak kekerasan sektarian di Maluku dan Sulawesi. KPSI terkait dengan MMI dan JI melalui Agus Dwikarna, ketua Laskar Jundullah dan anggota MMIKomite Eksekutif. (Dwikarna ditangkap di bandara Manila pada Maret 2002 dan didakwa membawa bahan peledak). 

Ketua KPSI , Abdul Aziz Qahhar Muzzakar, juga mengelola sebuah pesantren di Makassar yang berfungsi sebagai cabang lokal dari KPSI yang disebut “jaringan Hiyadatullah”, dinamai majalah Islam militan Hiyadatullah.

 Di Thailand, Yala Islamic College, dengan sekitar 800 siswa, mengajarkan keyakinan inti Wahhabi. Perguruan tinggi tersebut dipimpin oleh Dr. Ismail Lufti, lulusan Universitas Islam Imam Muhammad bin Saud di Riyadh, dan dilaporkan menerima dana dari Arab Saudi, Qatar dan Kuwait. 

Government Thailand percaya bahwa sejumlah pesantren di provinsi selatan berfungsi sebagai tempat berkembang biak dan pusat perekrutan militan yang melakukan serangan teroris di provinsi selatan. Sejumlah separatis Muslim yang tewas dalam serangan terhadap pos polisi dan pasukan keamanan pada 28 April 2004 adalah guru di sekolah Islam setempat. 

Reaksi pemerintah daerah terhadap sekolah-sekolah teroris ini agak tidak merata. Pihak Malaysia telah menutup sekolah Tarbiyah Luqmanul Hakiem, serta sekolah radikal lainnya, Sekolah Menengah Arab Darul Anuar di Kota Baru. 

Namun di Indonesia, Pondok Mukmin dan pesantren radikal lainnya terus beroperasi. Hingga bom Bali, banyak kelompok radikal dan kekerasan menikmati dukungan politisi arus utama, seperti mantan Wakil Presiden Hamza Haz, yang mengunjungi Ba'asyir di markasnya di pesantren Al-Mukmin. 

Pasca Bom Bali Oktober 2002, pimpinan Nahdlatul Ulama dan Muhammadiyah melakukan kampanye bersama melawan terorisme—perubahan yang disambut baik dari sikap pasif kaum moderat menuju ancaman radikalisme dan kekerasan atas nama Islam. 

Di Thailand, setelah insiden 28 April 2004, yang melibatkan beberapa serangan oleh ratusan militan di kantor polisi dan pos keamanan di seluruh provinsi selatan, dan memuncak dalam penyerbuan masjid Kru Se di Pattani oleh tentara, yang menyebabkan kematian dari 110 gerilyawan yang berlindung di masjid, government Bangkok mengusulkan penutupan besar-besaran sekolah-sekolah Islam dan penangkapan guru-guru yang dituduh menganjurkan kekerasan terhadap negara.