Teori tentang sejarah masuknya Islam ke Papua selama ini belum menjadi suatu penilaian khusus. Hal ini mungkin terjadi karena terbatasnya sumber-sumber lokal maupun asing yang membicarakan Islam di Papua. Selain itu, faktor letak geografis yang berada di ujung paling Timur Indonesia dan kondisi alam Papua sulit ditembus dan dijangkau karena dipenuhi hutan belantara.

Papua dalam historiografi Islam di Indonesia belum banyak diungkap oleh kalangan sejarawan. Mungkin karena pulau Papua dianggap sebagai daerah pinggiran di Nusantara dan belum tersentuh pengaruh Islam. Kesan yang timbul selama ini, penduduk asli Papua identik dengan pemeluk agama Kristen dan Katolik.

Pada realitasnya, proses awal Islamisasi di Papua telah terjadi sekitar abad XV-XVI, melalui kontak perdagangan, budaya, dan politik dengan kerajaan-kerajaan Islam di Maluku Utara (Ternate, Tidore, Bacan, dan Jailolo). Masuknya agama Islam ke Papua pun memiliki berbagai macam versi, yaitu versi Bacan, versi Aceh, versi Arab, dan versi Jawa.

Versi Bacan

Collins, seorang pakar linguistik, mengemukakan bahwa Kerajaan Bacan merupakan kerajaan tertua di Maluku. Hal ini dapat dilihat dari bahasa Bacan yang dialek Melayunya banyak persamaan dengan bahasa Melayu di bagian utara Kalimantan.

Pada masa Sriwijaya, rempah-rempah dari Maluku telah dialirkan pula melalui kerajaan Sumatra itu. Lapian mengemukakan pendapat bahwa perdagangan di masa itu dilakukan dengan kerajaan Bacan yang mendahului adanya kerajaan Ternate dan Tidore.

Menurut Arnold, Raja Bacan pertama yang masuk Islam bernama Zainal Abidin , yang memerintah tahun 1521 M, telah menguasai suku-suku di Papua serta pulau - pulau di sebelah barat lautnya, seperti Waigeo, Misool, Waigama, dan Salawati.

Kemudian Sultan Bacan meluaskan kekuasaannya sampai semenanjung Onin (Fakfak), di barat laut Papua pada tahun 1606 M. Melalui pengaruhnya dan para pedagang Muslim, maka para pemuka masyarakat memeluk agama Islam.

Versi Aceh

Menurut sejarah lisan dari daerah Fakfak bahwa Syekh Abd ar-Rauf yang merupakan putra ke-27 dari Syekh Abdul Qadir Jaelani dari kerajaan Samudera Pasai mengutus Tuan Syekh Iskandar Syah untuk melakukan perjalanan dakwah ke Nuu War (Papua) sekitar abad XIII.

Orang pertama yang diajarkan Syekh Iskandar Syah bernama Kriskris. Tiga bulan kemudian, Kriskris diangkat menjadi imam pertama dan beliau sudah menjadi Raja pertama di Patipi, Fakfak.

Syekh Iskandar Syah ketika itu datang membawa beberapa kitab, yakni mushaf Alquran tulisan tangan, kitab hadis, kitab ilmu tauhid, dan kitab kumpulan doa.

Beberapa tahun kemudian, bencana tsunami menenggelamkan Mes, sehingga menyebabkan seluruh kerajaan Mes musnah, mushaf Alquran, dan sejumlah kitab fikih serta kitab tauhid yang diselamatkan Syekh Iskandar Syah dan disimpan di Aceh. Manuskrip tersebut baru dikembalikan tanggal 17 Juli 2004 kepada keturunan anak Raja Kriskris yang bernama Fadlan Garamatan.

Versi Arab

Dalam catatan sejarah kerajaan Nusa Iha (Sirisori) di Ambon bahwa sekitar tahun 1212 M sampai dengan 1215 M terdapat dua orang mujahidin yang datang dari Irak, yaitu Syekh Abdul Aziz Assegaf Maulana Malik Ibrahim, Syekh Abdul Rahman Assegaf Maulana Saniki Yarimullah. Pada tahun 1215, mereka tiba di Nusa Iha dan mendirikan sebuah kerajaan Islam yang bernama Ama Iha I, berkedudukan di Louhatt Amalutu sekarang bernama Sirisori Islam di Ambon.

Pada tahun 1230 M, Syekh Abdul Rahman Assegaf Maulana Saniki Yarimullah dengan istrinya Nyai Mara Utah telah memasuki Jazirah Onin, Rumbati-Fakfak. Dan mendirikan kerajaan Islam yang bernama Woni Epapua, dari perkawinannya telah dianugerahi 10 orang anak. Maulana Saniki Yarimullah diberi gelar dengan nama Koning Papua (putra dari kayangan).

Menurut sejarah lisan Fakfak bahwa agama Islam mulai diperkenalkan di Papua, yaitu pertama kali di wilayah Jazirah Onin (Patimunin-Fakfak) oleh seorang sufi bernama Syarif Muaz al-Qathan dengan gelar Syekh Jubah Biru dari negeri Arab (Hadramaut Yaman) yang diperkirakan terjadi pada abad pertengahan abad XVI, sesuai dengan bukti adanya Masjid Tunasgain yang berumur sekitar 400 tahun atau dibangun sekitar tahun 1587.

Versi Jawa

Pada tahun 1518 M, Sultan Adipati Muhammad Yunus dengan gelar Pangeran Sebrang Lor anak dari Raden Patah dari kerajaan Islam Demak mengadakan kerja sama dengan kesultanan Ternate dan Tidore untuk mengirim dai dan mubaligh ke Papua dalam rangka menyiarkan Islam. Para dai dan mubaligh itu dikirim ke wilayah pesisir Barat dan Utara Papua.

Informasi lain dari pengurus Yayasan Sunan Drajad dan Sunan Giri bahwa Perdana Jamilu dari Hitu dan Sultan Zainal Abidin dari Ternate belajar langsung dari Sunan Giri.

Setelah mempelajari Islam, maka Sultan kembali ke Ternate dengan membawa seorang mubaligh bernama Tuhubahahul dari Giri untuk menyiarkan Islam di Maluku, sedangkan Perdana Jamilu dari Hitu dipercayakan menyiarkan Islam ke Papua tepatnya di Fakfak.

Versi Banda

Menurut Halwany Microb bahwa Islamisasi di Papua, khususnya di Fakfak, disebarkan oleh pedagang-pedagang Bugis melalui Banda yang diteruskan ke Fakfak melalui Seram Timur oleh seorang pedagang dari Arab bernama Haweten Attamimi yang telah lama menetap di Ambon.

Mircrob juga mengatakan bahwa cara atau proses islamisasi yang pernah dilakukan oleh dua orang mubaligh bernama Salahuddin dan Jainun dari Banda yang terjadi di Pulau Misool yang belum terjangkau oleh Sultan Ternate dan Tidore.

Proses pengislaman yang dilakukan antara lain dengan jalan khitanan (sunatan). Tetapi di bawah ancaman penduduk setempat, jika orang yang disunat mati, kedua mubaligh itu akan dibunuh. Akhirnya keduanya berhasil dalam khitanan tersebut, maka penduduk setempat berbondong-bondong masuk agama Islam.

Informasi lain menurut Ismail A. Bauw bahwa agama Islam masuk ke Rumbati wilayah semenanjung Onin, Fakfakpada tahun 1502 M. dibawa oleh seorang mubaligh yang bernama Abdul Ghafar yang berasal dari Aceh sampai wafatnya. Pada abad berikutnya, datang seorang mubaligh bernama Siti Mashita dari Bandaneira berkunjung ke desa Patipi, Fakfak, kemudian kawin dan wafat di sana.