Pembukaan Undang-Undang Dasar Republik Indonesia 1945 menyatakan negara Republik Indonesia adalah negara kesatuan yang berlandaskan hukum dan memiliki tugas dan tanggung jawab untuk memelihara kehidupan yang aman, damai dan sejahtera serta ikut aktif dalam memelihara perdamaian dunia. Untuk mencapai tujuan tersebut pemerintah wajib memelihara, menegakkan kedaulatan dan melindungi setiap warga negaranya dari setiap ancaman atau tindakan destruktif baik dari dalam negeri maupun dari luar negeri.

Pasal 1 ayat (3) Undang-Undang Dasar 1945 yang berbunyi Negara Indonesia adalah negara hukum. Negara yang mengaku sebagai negara hukum diharuskan untuk menjalani segala sisi kehidupan negara dengan proses penegakan hukum yang baik maka nilai keadilan serta kebenaran akan terwujud dan juga harus senantiasa melindungi seluruh warga negaranya.

Perang melawan terorisme merupakan tantangan besar bagi negara Indonesia. Terorisme belakangan ini menjadi fenomena modern dan telah menjadi fokus perhatian berbagai kalangan organisasi internasional serta negara lain dan termasuk negara Indonesia. Secara terminologis terorisme adalah pengggunaan kekerasan untuk menimbulkan ketakutan dalam rangka mencapai tujuan politik, sedangkan pelakunya disebut teroris adalah orang yang menggunakan kekerasan untuk menimbulkan rasa takut, biasanya dilakukan untuk mencapai tujuan politik.

Berdasarkan Undang-Undang Nomor 15 tahun 2003 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Terorisme pada  Bab III Pasal 6, bahwa tindak pidana terorisme adalah setiap orang yang sengaja menggunakan kekerasan menimbulkan susasana teror atau rasa takut terhadap orang secara meluas atau menimbulkan korban yang bersifat massal, dengan cara merampas kemerdekaan atau hilangnya nyawa dan harta benda orang lain, atau mengakibatkan kerusakan atau kehancuran terhadap obyek-obyek vital yang strategis atau lingkungan hidup atau fasilitas publik atau fasilitas internasional, dipidana dengan pidana mati; atau penjara seumur hidup atau pidana penjara paling singkat 4 (empat) tahun dan paling lama 20 (dua puluh) tahun.

Jaringan teroris di Indonesia ternyata lebih besar dan lebih berpengalaman dari yang selama ini dipikirkan oleh banyak pihak. Perekrutan anggota baru dalam jaringan teroris ternyata dilakukan sangat mudah. Jaringannya pun terus berkembang dan semakin meluas ditanah air. Meningkatkan kewaspadaan secara fisik semata tidak cukup untuk menghadapi organisasi terorisme karena secara organisatoris kelompok tersebut sudah memiliki perencanaan dan persiapan yang sangat diperhitungkan baik dari segi operasional, personil, dukungan insfrastruktur dan pendanaan.  

Data kasus aksi terorisme di Indonesia dari tahun 2000 hingga  2016 ada 260 kasus teroris, selain menimbulkan korban jiwa, serangan teroris juga menimbulkan kerugian materi, ekonomi dan sosial terutama hubungan antar umat beragama. Terorisme mempunyai tujuan untuk membuat orang lain merasa ketakutan sehingga dengan demikian dapat menarik perhatian orang, kelompok atau bangsa.

Terorisme digunakan sebagai senjata psikologis untuk menciptakan keadaan tidak menentu, panik dan menciptakan ketidak percayaan masyarakat terhadap kemampuan pemerintah. Terorisme tidak ditujukan langsung kepada lawan, namun perbuatan tersebut justru dilakukan dimana saja dan terhadap siapa saja tanpa memikirkan apakah orang yang menjadi korban teror itu baik atau tidak.

Mengatasi dan pemberantasan terorisme memerlukan kecermatan pengamatan atas kultur dan kondisi masyarakat yang dilandaskan masyarakat Indonesia yang memiliki keberagaman yang mendiami ribuan pulau yang tersebar di seluruh wilayah nusantara dan juga berbatasan dengan negara lain. Dengan demikian, negara wajib melakukan upaya efektif dalam menjawab permasalahan terorisme dan negara juga melaksanakan kewajibannya dalam memfasilitasi terciptanya kondisi dimana menikmati keadilan dan keamanan.

Indonesia membentuk Detasemen Khusus (Densus) 88 dari Kepolisian Republik Indonesia dan dalam hal yang lebih luas dibentuk Badan Nasional Penanggulangan Teroris (BNPT) di koordinasikan Menteri Koordinator Politik, Hukum dan Keamanan bertanggung jawab kepada Presiden. Pedoman dalam melaksanakan tugas dan wewenang sudah terlihat dalam berbagai aturan yang ada yaitu KUHAP, Undang-Undang Nomor 2 Tahun 2002 tentang Kepolisian Negara Republik Indonesia, Undang-Undang Nomor 15 tahun 2003 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Terorisme, Peraturan Presiden Nomor 46 tahun 2010 tentang Badan Nasional Penanggulangan Terorisme dan  Peraturan Kapolri Nomor 8 tahun 2009 tentang Implementasi Prinsip dan Standar HAM Dalam Penyelenggaraan Tugas Kepolisian Republik Indonesia.

Indonesia sebagai negara hukum berkewajiban menghormati, menjunjung tinggi dan melindungi Hak Asasi Manusia (HAM) yang dijamin oleh konstitusi dengan semua perangkat negara yang dimiliki. Namun dalam prakteknya seringkali upaya penegakan hukum justru disertai dengan pelanggaran HAM. Kinerja kepolisian terutama Densus 88 patut diberi apresiasi positif karena mampu mengungkap sebagian besar peristiwa aksi terorisme yang terjadi,di Indonesia walaupun banyak kendala dalam penerapannya.

Dugaan pelanggaran dalam menjalankan tugasnya menjadi permasalahan kompleks, dilandaskan berhadapan dengan teroris yang memang membutuhkan kewenangan lebih karena teroris dilengkapi dengan senjata, bom dan kemampuan militer sehingga dapat membahayakan masyarakat. Aksi memberantas teorisme ini rentan melakukan tindakan pelanggaran hak asasi manusia, oleh karena itu perlu pengawasan dan evaluasi yang ketat agar tidak mengabaikan hak asasi manusia. Upaya penegakan hukum pemberantasan terorisme berpotensi terjadinya pelanggaran hak asasi manusia, mengingat penggunaan senjata api akan diutamakan pada saat terjadi baku tembak dan saat melakukan interogasi guna mendapatkan informasi mengenai terorisme dilakukan dengan tindakan kekerasan.

Apa yang tengah menjadi masalah mengenai terorisme adalah lebih dari perlindungan hak asasi manusia dan pada dasarnya penting merupakan masalah prinsip. Tetapi, selama ini Indonesia masih menggunakan pendeketan kekerasan dalam menanggapi terorisme misalnya dengan penyergapan, pembunuhan, pengejaran dan penangkapan serta memperlakukan penyiksaan yang sangat jauh dari manusiawi dilakukan oleh aparat keamanan.

Beberapa dugaaan dalam gerakan kontra terorisme yang sering mengabaikan nilai-nilai hak asasi manusia. Berbeda dengan penangkapan para koruptor, padahal teroris dan koruptor merupakan dua penjahat kelas kakap yang tidak hanya menjadi musuh negara, tetapi menjadi musuh seluruh rakyat Indonesia bahkan dunia. Bagaimanapun dampak rusaknya negara akibat teroris tidak sebesar yang dilakukan oleh para koruptor, rakyat lebih merasakan penderitaan akibat dampak korupsi daripada teroris, dampak korupsi lebih dahsyat disbanding teror.

Para koruptor masih bisa tersenyum, ketawa bebas dan melambaikan tangan didepan kamera walaupun perbuatan yang dilakukannya merugikan negara, sesungguhnya mereka adalah penjahat dan maling uang rakyat. Tetapi para koruptor selalu kelihatan rapi dan dibentengi dengan puluhan pengacara. Jika kita mengamati kinerja Polisi ketika menangkap teroris, sungguh berbeda dengan diperlakukan kepada koruptor. Para tersangka teroris ditangkap dengan pengawalan sangat ketat, tangan diborgol dan muka ditutup dengan penutup kepala, hal ini sangat kontras dengan perlakuan terhadap para koruptor, seharusnya diperlakukan dengan hal yang serupa namun kenyataannya tidak pernah dilakukan, dimana letak keadilannya.

Meningkatkan efektivitas pengawasan penerapan hak asasi manusia di lingkungan tugas Polri, melakukan kerjasama dan koordinasi dengan instansi terkait, akademisi dan lembaga swadaya masyarakat, dalam hal terjadi tindak pidana pelanggaran hak asasi manusia yang dilakukan oleh para anggota Densus 88 pada saat melaksanakan tugas.

Perlu diingat kebijakan pemerintah dalam menyusun undang-undang terorisme bukan dilandaskan tekanan dari negara maju tetapi didasarkan pada paradigma, yakni melindungi bangsa dan kedaulatan Negara Kesatuan Republik Indonesia, melindungi hak korban dan saksi-saksi serta melindungi hak asasi pelaku terorisme.