Sejak kolonialisme berakhir, upaya mengembangkan sintesis yang tepat antara gerakan dan gagasan politik Islam dengan negara di Indonesia tampak mengalami kebuntuan. 

Hubungan politik antara Islam dan negara ditandai oleh ketegangan-ketegangan terutama terkait posisi Islam yang menonjol kedudukannya sebagai agama yang dianut oleh mayoritas masyarakat dan praktik pengelolaan pemerintahan modern. 

Fakta ini menimbulkan tanda tanya, apakah Islam dapat benar-benar sejalan dengan sistem politik modern, di mana gagasan nation-state merupakan salah satu unsur pokoknya?

Usaha-usaha mewujudkan sintesis keduanya secara praktik, dengan Islam sebagai ideologi negara, pada masa awal kemerdekaan dan masa Orde Baru selalu mengalami kegagalan. Meskipun demikian, diskursus ini boleh dibilang tidak pernah surut dalam tataran teoretis. 

Alasan hangatnya diskursus Islam dan politik di Indonesia, bisa jadi karena perbincangan hubungan Islam dan politik di Indonesia menjadi suatu hal penting, apalagi persoalan ini merupakan gejala masyarakat yang berakar dari kemunculan apa yang dianggap atau disebut dengan sekularisasi. Selain itu, persoalan kontekstualisasi bentuk negara bagi sebagian merupakan hal penting dalam hubungan Islam dan politik di Indonesia, 

Diskursus Islam dan politik semakin rumit ketika ada anggapan bahwa masalah hubungan keduanya bersifat monolitik-organik. Hal ini memicu pandangan bahwa Islam sejak awal memang agama dan politik (negara). 

Oleh karena itu, masalah hubungan keduanya ada dalam tataran benturan antara ortodoksi dan heterodoksi, bukan dipandang sebagai konflik argumentatif kalangan elite politik (negara). Ditambah dengan kehadiran pengaruh gerakan Islam transnasional yang terimpor dari Timur Tengah membuat hubungan keduanya semakin sulit dipertemukan.

Problematika di atas kemudian menimbulkan pertanyaan sederhana dan mendasar yang barangkali dapat ditelusuri berasal dari dua persoalan, yaitu apakah kerasulan Muhammad Saw. mempunyai kaitan dengan masalah politik, atau apakah Islam merupakan agama yang terkait erat dengan urusan politik kenegaraan dan pemerintahan; serta apakah sistem dan bentuk pemerintahan, sekaligus prinsip-prinsipnya terdapat dalam Islam.

Terkait hal itu, Munawir Sjadzali menginformasikan bahwa di kalangan umat Islam, khususnya di Indonesia, sampai saat ini, setidaknya dapat dibagi tiga aliran dalam memandang hubungan Islam dan politik, yaitu mereka yang berpendirian bahwa Islam bukan semata-mata yang hanya menyangkut hubungan manusia dengan Tuhan, melainkan mencakup segala aspek kehidupan termasuk politik; mereka yang berpandangan bahwa Islam adalah agama yang tidak berhubungan dengan urusan politik; mereka yang berpendirian bahwa Islam memang tidak memiliki pedoman khusus yang rinci dan utuh mengenai persoalan politik, tetapi terdapat seperangkat tata nilai etika bagi kehidupan perpolitikan.

Aliran yang pertama disebut di atas dapat dikategorikan sebagai aliran paradigma integratif. Untuk aliran yang kedua dapat disebut dengan aliran paradigma sekuler. Sementara aliran ketiga disebut dengan aliran paradigma simbiotik.

Berdasarkan pemetaan mengenai aliran pemikiran terhadap relasi Islam dan Politik, sepanjang sejarah Indonesia, dapat dikemukakan bahwa aliran paradigma integratif diwakili oleh individu-individu atau kelompok yang berkeyakinan Islam itu bersifat serba mencakup (holisitik). 

Sikap ini kemudian dipegang secara teguh dan konsisten, sehingga dianggap berpotensi menyebabkan disintegrasi politik nasional. Oleh karena itu, dilakukan “pemberangusan” atau "penggembosan" terhadap aktivisme ini dengan alasan untuk menjaga stabilitas politik nasional. 

Inilah aktivisme awal dan dasar utama politik Islam bagi aliran paradigma integratif yang berkembang di Indonesia. Sebagai contoh yang dapat disebutkan di Indonesia adalah Masyumi yang kemudian dapat digolongkan sebagai kaum tua Muslim.

Respon ketidaksetujuan, jika bukan disebut kritik, terhadap pandangan tersebut muncul dari aktivis muda Muslim yang tergabung dalam organisasi pelajar atau mahasiswa semacam Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) dan Pelajar Islam Indonesia (PII). Salah satu pentolan dari aktivis muda Muslim saat itu yang dianggap cukup artikulatif dan elaboratif adalah Nurcholish Madjid (Cak Nur). 

Bagi Cak Nur, terdapat beberapa dasar-dasar politik Islam yang dapat dipegang sebagai pedoman, yaitu al-Quran dan sunah tidak memberikan perintah untuk mendirikan negara Islam; prinsip-prinsip sosial-politik dalam ajaran Islam bukan merupakan sesuatu yang bersifat ideologis; dan Islam mesti terus-menerus dipahami tanpa terbatas oleh formalistik dan legalistik.

Dari sini terlihat bahwa terdapat perbedaan mencolok antara kaum tua Muslim dengan aktivis muda Muslim. Kelompok pertama tampak lebih mengupayakan Islam ideologis simbolik, sedangkan kelompok kedua, yang juga dapat disebut sebagai aliran paradigma sekuler-simbiotik, lebih mengutamakan Islam substantif dengan cara menjauhkan fokus perhatian terhadap struktur.

Berpijak pada uraian-uraian di atas serta melihat situasi dan kondisi perpolitikan di Indonesia terkini, kecenderungan untuk melanjutkan dan meneruskan pola pikir aliran sekuler-simbiotik menjadi sebuah conditio sine qua non. Hal ini disebabkan argumen-argumen atau dasar-dasar politik Islam yang diajukan kelompok ini lebih relevan dibanding kelompok aliran integratif. 

Ditambah fakta kemajemukan di Indonesia, sulit untuk mewujudkan sebuah negara dengan seutuhnya berdasarkan pada agama tertentu. Dengan demikian, saat ini yang dibutuhkan adalah keseriusan dan pendalaman lebih lanjut ketika memahami Islam, terutama terkait dengan aktivisme, doktrin, dogma-teologi yang tampak atau dianggap berbicara mengenai politik Islam.