Filsafat Bacon (1561-1626)  memiliki nilai penting yang abadi sebagai pendiri metode induktif modern dan pioner dalam upaya mensistematisasikan prosuder ilmiah secara logis. Meski dapat dikatakan bahwa filsafatnya dalam banyak hal tidak memuaskan. Bacon bukanlah seorang termashur karena ketinggian moralnya, seperti pendahulunya Sir Thomas More, tetapi ia juga tidak terlalu jahat. Secara moral, ia seperti kebanyakan manusia, tidak lebih baik maupun lebih buruk daripada sejawatnya

Francis Bacon sendiri bukanlah seorang ilmuwan, ia tidak dikenal karena teori atau menemuannya dalam bentuk yang dikenal seperti Copernicus, Galileo, Kepler, dan Newton. Lebih tepatnya, ia berteori tentang ilmu dan tentang pengetahuan secara umum. 

Secara khusus ia mengembangkan metode eksperimental yang akan memberikan pengaruh besar pada Galileo. Baconlah yang merumuskan apa yang kemudian menjadi “metode ilmiah” versi buku teks, yang mencakup pengamatan yang cermat dan eksprimen yang terkontrol dan metodis. Metode ilmiah menjadi suatu permulaan yang segar bagi semua persoalan yang dianggap sudah dijawab orang-orang kuno (Solomon & Higgins, 2003).

Menurut Bacon, sebagaimana disampaikan oleh Copleston (1993), nilai dan kebenaran ilmu pengetahuan terletak pada segala sesuatu yang bersifat praktis dan utilitaris. Fungsi sebenarnya dari ilmu pengetahuan adalah untuk memperluas kekuasaan umat manusia, yakni kekuasaan manusia atas alam. 

Dalam Novum Organum, Bacon memberikan perhatian terhadap efek praktis dari penemuan percetakan, miseu, dan magnet, yang telah merubah wajah semua keadaan dunia, pertama dalam hal literatur, kedua dalam hal peperangan, dan penemuan ketiga dalam hal navigasi. Bagi Bacon, penemuan ini tidak datang dari tradisi Aristotelian, namun lahir dari persentuhannya secara langsung dengan alam dunia.

Di sini dapat terlihat jelas bahwa penekanan pengembangan ilmu pengetahuan menurut Bacon adalah untuk kekuasaan manusia atas alam, hal ini secara tidak langsung telah melanggar prosedur dalam mencapai kebenaran ilmiah dalam dirinya sendiri. Ketidakpercayaan Bacon terhadap metode spekulatif dari tradisi pemikiran filsafat masa lalu, berbeda dengan tradisi neo-Platonisme dan teosof. Meskipun, Bacon tidak memberikan kontribusi positif untuk ilmu pengatahuan dalam dirinya sendiri, secara tidak sadar justru Bacon jauh lebih dipengaruhi oleh Aristotelianisme.

Landasan teoritis dari argumentasi di atas, terletak pada-seperti halnya Aristoteles-, Bacon masih cenderung mempercayai akal budi melebihi pengalaman, dan serangannya yang terus-menerus terhadap pengaruh Aristoteles (yakni penerimaan yang tidak kritis terhadap teori-teorinya yang sudah berusia seribu lima ratus tahun), janganlah mengaburkan batas di mana Bacon adalah keturunan tidak langsung dari Aristoteles, bukan musuh bebuyutannya.

Sementara itu, pengetahuan menurut Bacon adalah suatu pengetahuan yang diterima orang melalui persentuhan indrawi dan dunia fakta. Pengalaman adalah sumber pengetahuan yang sejati, pengetahuan haruslah dicapai dengan induksi. Kata Bacon selanjutnya adalah kita sudah terlalu lama dipengaruhi oleh metode deduktif dari dogma-dogma yang diambil kesimpulan. Menurut Bacon, ilmu yang benar adalah yang telah terakumulasi antara pikiran dan kenyataan, kemudian diperkuat oleh sentuhan indrawi.

Searah dengan itu, Bacon memberikan penjelasan bahwa jika ingin memperoleh pengatahuan yang sejati, haruslah dilakukan suatu “pemurnian” dari segala hal. Untuk itu, Bacon memperkenalkan suatu metode sebagai “peralatan baru” yang bisa membantu memperoleh kebenaran ilmu pengetahuan. Metode ini terkenal dengan sebutan induksi. 

Namun, Bacon menuturkan bahwa induksi ini bukanlah sekedar generalisasi dari berbagai hal khusus untuk memperoleh hal yang umum. Induksi tersebut adalah metode pengetahuan yang diawali dengan pengumpulan dan perbandingan data-data hasil pengamatan atas eksperimen-eksperimen yang dibuat, yang selanjutnya melakukan proses generalisasi, menghasilkan pola atau prinsip umum dari objek pengalaman tersebut.

Dalam kaitannya dengan metode induksi, Bacon tidak menyanagkal bahwa metode ini telah digunakan oleh tokoh-tokoh sebelumnya sebagaimana Aristoteles. Yang menjadi keberatan Bacon adalah terletak pada sifat ketergesa-gesaannya dalam melakukan generalisas, dan tidak bertumpu pada dasar-dasar yang kuat pada pengalaman.

Mula-mula, induksi diawali dengan operasi indra, tetapi membutuhkan kerjasama pikiran, meskipun aktifitas pikiran harus dikendalikan oleh observasi. Tetapi di sini Bacon tampaknya terlihat memiliki kelemahan dan kekurangan yang jelas dalam menempatkan pentingnya hipotesis dalam metode ilmiah. Meskipun Bacon melihat dengan jelas bahwa nilai kesimpulan berdasarkan observasi tergantung pada karakter pengalaman itu sendiri (Copleston, 1993).

Sampai di sini tampak jelas bahwa Bacon sangat merendahkan silogisme, sekaligus juga memandang rendah matematika, yang menurutnya tidak cukup bersifat ekspreimental.  Dalam hal ini, ia sangat memusuhi Aristoteles dan justru menjujung tinggi Demokritus. Meskipun Bacon tetap memiliki pandangan teleologis sebagaimana Aristoteles, ia keberatan jika ada pencampuradukan antara penjelasan teleologis dengan penelitian sebenarnya atas fenomena.

Menurut Bertrand Russel (2007), metode induktif Bacon mengandung cacat karena tidak cukup memberi tekanan pada hipotesis. Dia berpendapat bahwa penyusunan data secara teratur semata akan membuat hipotesis yang benar menjadi jelas, tetapi ini jarang terjadi. Biasanya, pembuatan kerangka hipotesis merupakan bagian paling sulit dalam kerja ilmiah, dan membutuhkan kemampuan yang tinggi. 

Sampai sejauh ini, lazimnya tidak ada metode yang bisa menciptakan hipotesis. Biasanya, suatu hipotesis perlu dirumuskan sebelum pengumpulan fakta, karena pemilihan fakta menuntut cara tersendiri untuk menentukan relevansi. Tanpa langkah ini, sekeranjang fakta hanya akan membuat bingung.

Sementara, jauh diluar dugaan Bacon, peran yang dimainkan oleh deduksi dalam sains ternyata lebih besar. Sebagai contoh, seringkali ketika sebuah hipotesis harus diuji, ada sebuah langkah panjang deduktif dari hipotesis sampai pada suatu konsekuensi yang dapat diuji dengan pengalaman.

Umumnya deduksi bersifat matematis, dan dalam hal ini Bacon tampaknya menyepelekan matematika dalam penelitiaan ilmiah. Sehingga, dapat diberikan keterangan di sini bahwa gagasan ilmiah Bacon telah gugur dihadapan argumentasi teoritis kaitannya dengan tahap-tahap eksperimentasi yang sebenarnya. Bacon tidak cukup jelas dalam landasan teoritisnya dengan mengabaikan pentingnya hipotesis pra-penelitian.

Bacon, dalam hal ini jelas tidak memecahkan semua permasalahan induksi. Ia juga tidak memberikan sistematisasi yang logis dan memadai bagi metode ilmiah. Hal ini menjadi wajar mengingat pada masa itu perkembangan ilmu pengetahuan masih sangat terbatas, di mana Bacon banyak menemukan kebuntuan dalam ihwal penerapan metodis dalam penelitannya.

Selain itu, Bacon masih belum memahami secara sistematis karakter pengetahuan ilmiah itu sendiri, hal ini dapat dilihat cara pandangnya terhadap logika deduksi dalam rumusan hipotesis yang menjadi bagian sangat penting sebelum masuk keranah fakta-fakta di lapangan yang sesungguhnya.